После этого проводили гейтирование/фильтрование данных/событий [цитометрического анализа], содержащихся в файлах *.fcs

см. https://en.wikipedia.org/wiki/Flow_Cytometry_Standard

Гейтирование – процедура установления порогового значения какого-либо параметра на основе контуров вероятности (аналогичных визуализации контурных данных) для выбора подмножества собранных событий для дальнейшего анализа.

По возможности, все события должны регистрироваться в режиме списка, т.е. без селективного гейтирования событий. Гейтирование «в режиме реального времени» (селективный гейтинг) следует использовать, только если целевая популяция встречается достаточно редко, и придется проанализировать более 2 миллионов событий, чтобы получить значительное (100 или более) число событий для целевой популяции. Данные в виде списка можно получать без компенсации сигналов, если используется цифровой прибор. Анализ можно значительно упростить и сократить по времени, если настроить для данных надлежащую компенсацию до начала их регистрации. Кроме того, часто рекомендуется настраивать пороговые уровни, чтобы исключить сигналы дебриса. Установление предела прямого светорассеяния, например, позволяет исключить события ниже определенной заранее установленной величины.
https://static-1.rosminzdrav.ru/system/attachments/attaches/...

Для измерения, количественной оценки и идентификации различных популяций лимфоцитов проточный цитометр использует метод анализа данных, с помощью которого можно распознавать разные типы клеток. Данный процесс называется гейтированием. Гейт в проточной цитометрии — это область, очерченная вокруг целевой клеточной популяции, с помощью которой можно выделить определенный тип клеток из множества других.
По сути, гейты — это электронные фильтры. Гейтирование — это процесс, во время которого к данным проточной цитометрии применяются разные типы электронных фильтров. Таким образом, процесс гейтирования позволяет анализировать отдельные клеточные субпопуляции, входящие в состав множества разнообразных клеток. Данный вычислительный процесс устраняет необходимость физической сортировки клеток для последующего анализа. Оператор выбирает свойства гейта для применения к комбинации клеток на основании морфологических характеристик клеток, флуоресценции поверхностных или внутриклеточных маркеров или сочетания этих характеристик.
https://media.beckman.com/-/media/russian-team/app-notes/aqu...